לימודי ההסטוריה בחט"ע כוללים בתוכם את תכנית הלימודים לבגרות ותכנית להמרה חלקית של בחינת הבגרות להערכה חלופית בית ספרית בדגש על למידה פעילה ופיתוח מיומנויות חשיבה גבוהה כגון: השוואה בין קטעי מקור, ניתוח מאמרים, הבעת דעה מבוססת הסטורית ועוד...

בכיתה י' לומדים התלמידים במחצית א' את נושא בית שני הכולל פרקים נבחרים מימי שיבת ציון ועד לחורבן הבית השני. על נושא זה ייבחנו התלמידים בבחינת הבגרות שתתקיים בסוף כיתה י"א.  

הציון במחצית זו יורכב מבחנים, מטלות וממבחן מחצית. ציון זה יהווה מרכיב של 20 אחוזים מהציון השנתי לבחינת הבגרות בהסטוריה שתתקיים בכיתה י"א.

במחצית השניה של כיתה י' לומדים  התלמידים תכנית שפותחה על ידי צוות מורי ההסטוריה: הציונות מחזון למציאות. במסגרת זו לומדים התלמידים נושאים נבחרים הקשורים לראשית הרעיון הציוני ומימושו: מבוא לצמיחת הלאומיות ומאפייניה, חזונו ופועלו של הרצל, מאפייני עולי העליה הראשונה והשניה ופועלם של אישים וארגונים בתקופה זו להנחת התשתית להקמת בית לאומי בארץ ישראל. הציון במחצית זו יורכב ממטלות שיגישו התלמידים ואלה יהוו מרכיב של 30 אחוז מציון הבגרות הסופי.

בכיתה י"א ובי"ב מב"ר, לומדים התלמידים במחצית א'  תכנית הערכה חלופית בית ספרית בנושא השואה ומלחמת העולם השניה.

הציון במחצית זו יהיה מורכב ממטלות שיגישו התלמידים לאורך המחצית, בחינת המתכונת (40 אחוז) ושקלול עם מבחן המחצית (60 אחוז). סך הכל יהווה הציון על נושא זה 30 אחוז מציון הבגרות הסופי.

במחצית השניה לומדים התלמידים פרקים נבחרים בנושא בונים מדינה במזרח התיכון: המאבק להקמת המדינה בשלהי התקופת המנדט, מלחמת העצמאות והשפעותיה,  גורלה של יהדות ארצות האסלאם, קליטת העליה ההמונית, מלחמת שת הימים, מלחמת יום כיפור והמעבר מכור היתוך לחברה רב תרבותית. נושא זה יופיע בבחינת הבגרות בסוף כיתה י"א. 

 בסוף כיתה י"א (יוני 2016) ייגשו התלמידים לבחינת מתכונת ולאחריה לבחינת בגרות שתכלול את תקופת בית שני, מבוא לתקופת השואה ובונים מדינה במזה"ת.

השקלול בין בחינת הבגרות (50 אחוזים) לבין ציוני תכנית ההערכה החלופית הבית ספרית (50 אחוזים) יהווה את ציון הבגרות הסופי בהסטוריה.